Мы занимаемся разработкой сайтов 3 года. Это небольшой срок, но уже за 3 года мы смогли два раза оказаться в досудебке по поводу наших работ. Это не много и в целом мы даже довольны такой статистикой, но все же тратить время/энергию на подобные вещи хочется меньше.
Работать через Git (с Битриксом сложно, но это лучше, чем бэкапить по 250 гб). Почему сложно? Все отправляете в Гит кроме папки bitrix и upload.
Шаблоны и модули храните в папке local которая в корне сайта.
В принципе, и папку bitrix можно в гит, кроме кэшей, бэкапов и dbconn.php,.settings.php. Как раз будет видно, если кто лапы запускает.