Самая основная причина критики системы – это сроки ввода маркировки для категорий продукции. Особенно критично процесс сказывался на тех компаниях, у кого подобных систем до этого не было, им приходилось внедрять «с нуля». Мы видели сложность реализации по переносам сроков, например, для маркировки лекарственных препаратов или молочной продукции. И в том, и в другом случае компании при интенсивной работе не успевали в первые обозначенные сроки. Вторая причина критики – стоимость инвестиций по внедрению системы учета и необходимой инфраструктуры для обеспечения ее работы. Данные расходы ложатся на плечи самих компаний и зачастую это просто расходы без повышения эффективности работы. Введение несёт за собой затраты на оборудование.