Первоначально музей задумывался как выставка работ испанских художников, но постепенно экспозиция расширялась. Сейчас Прадо располагает собранием итальянских, фламандских, немецких, нидерландских, и французских мастеров. Испанская школа в Прадо представлена наиболее полными собраниями Босха, Веласкеса, Гойи, Мурильо, Сурбарана и Эль Греко. Например, только коллекция Гойи насчитывает около 30 полотен, расположенных в хронологическом порядке и охватывающих все периоды его творчества. Также можно увидеть развитие испанской живописи, начиная с XII века: средневековые фрески, готика, искусство Ренессанса и реалистические картины XIX века.