Ну это же надо думать, зад со стула поднимать и т. д. Поэтому: «Проблемы чёрных шерифа не волнуют» (с)

А как ты их отличишь от людей? Это не мой вопрос - это вопрос от поисковиков.
Наверное они это могут сделать - но могут пострадать не только боты.

1) не все боты реально определяются, в результате, если бот идентифицирован как реальный посетитель, который при этом крайне мало времени провел на сайте - это негативный сигнал и страница опустится
2) почему учитывают ботов (хотя порой яндексоиды утверждают обратное) - это скорее вопрос к психологам :)

Потому что ребята которые накручивают или скручивают пф создают такие слепки своих ботов, что и Яндекс не всегда их отличает! Попросту Яндекс не может уверенно отсечь часть трафика, потому что не может гарантировать что это бот!