1. "что значит неправильная структура сайта, в вашем понимании?" - название товара должно быть уникальным в рамках сайта, очень многие это не соблюдают. Также многие не добавляют в название доп. ключи. Например, товар 1 называется дверь, второй дверь межкомнатная, если пользователь будет искать дверь, то оба равны, а если будет искать межкомнатную, то поисковик отдаст приоритет второму.

2. "Почему, по вашему, мусор в html-коде отрицательно влияет на сео" - использование style и css кода в html коде отрицательно сказывается, это указано как в требованиях от яндекса так и от googla. Стили нужно выносить в отдельные файлы. Текст должен быть строго в тегах p, h, ul и т.п. Если это не является элементом дизайна сайта.

3. "Что на ваш взгляд больше влияет на повышение в ранжировании?" - правильная структура категорий, наименование товаров, наличие необходимых коммерческих факторов, возраст домена, раскрытие темы в тексте полное, а не тупо сео текст, отзывы (актуально в последнее время), скорость обработки заявок/звонков, адаптивность, и в последний момент код сайта.

4. "Ссылочная масса, внутренняя переадресация, поведение пользователя на сайте?" - пф и ссылки, я отдаю приоритет пф.

Если показатель отказов выше 15%, то это уже звоночек и повод для просмотра визора и устранения проблем в ux