Как и в случаях отказа в выдаче разрешения на строительство, формулировка отказа на ввод здания в эксплуатацию обычно очень поверхностная. Например, недостаточность представленных документов (каких не хватает - додумывайте сами), выявленные ошибки в заявлении, или противоречия данных (здесь речь, вероятно, идет о несоответствии построенного объекта проекту).
1). прочесть статью
2). дать откат кому надо
3). profit