МойСклад можно интегрировать с Битрикс24 и amoCRM по API. В случае с Битриксом придется заплатить примерно 70% стоимости лицензии, а начальный тариф amoCRM бесплатный, но если вам нужен расширенный функционал, вполне возможно, что в итоге вы заплатите больше, чем за решение Битрикс24.э
А с другими системами можно использовать? Например, мегаплан или аспро cloud?