1-2% кода - это конечно жесть. Но и на сайтах на обычных системах управления это нередко проблема. Если взять сайты на шаблонах Вордпресс или Битрикса - там тоже можно получить показатель 5-10% контент, а остальное простыни кода. Боролся с этим вручную на паре сайтов.
Вы евро с рублями не перепутали? Или в количестве нолей не ошиблись?
У меня на сайтах 2000...10000 страниц, вопрос линковки решил через Sitedozor (если это реклама, пусть модератор сотрет). Плюс - он сам отправляет страницы в переобход, причем как заявлено по алгоритму, учитывающему важность страниц. В том числе новые, продвигаемые и т.д. с учетом лимитов. Комплексным анализом можно быстро найти косяки всех страниц. Есть еще отдельный анализ перелинковки - пока не пользовался, так как времени не хватает все править.