Я столкнулся с подобной проблемой. Насколько я понимаю, пункты выдачи в Санкт-Петербурге не принимают негабаритные грузы.

Я отправлял негабарит из Санкт-Петербурга в Москву, и всё было ок. Но, когда я захотел отправить груз в обратном направлении, Яндекс не позволил мне это сделать, предлагая только доставку в размер XL.

Чтобы проверить эту проблему, я изменил пункт доставки на Ульяновск, и после этого всё работало нормально. Непонятно, в чём именно проблема с пунктами выдачи в Санкт-Петербурге, ведь на отправку они принимают негабаритные грузы.