«Убийство великого узбекского астронома и математика М. Улугбека в результате заговора мусульманского духовенства. Одновременно была разрушена созданная им в Самарканде крупнейшая в то время обсерватория, остатки которой были впервые обнаружены только в 1908 г. При этом обнаружилось, что в обсерватории был установлен мраморный секстант диаметром в 40,21 м.
1553 г. В Швейцарии по приказанию одного из «отцов» протестантской церкви Кальвина был сожжён на костре выдающийся испанский учёный Мигель Сервет, открывший малый круг кровообращения.
1559 г. Издание верховным руководством католической церкви первого списка («индекса») запрещенных книг. Эти «индексы» затем регулярно переиздавались и дополнялись. Сочинения Джордано Бруно были вычеркнуты из них только в 1948 году.
1564 г. На острове Занте в Средиземном море умирает крупнейший анатом эпохи Возрождения А. Везалий. За анатомирование трупов, которое было осуждено церковью как святотатство в конце XIII веке папой Бонифацием VIII, Везалий был приговорен к паломничеству в Иерусалим. На обратном пути в результате кораблекрушения он оказался на почти необитаемом острове.
1566 г. Разгром по наущению церковников первой русской типографии Ивана Фёдорова и Петра Мстиславца в Москве.
1600 г. На Площади цветов в Риме сожжен на костре великий итальянский мыслитель Джордано Бруно.
1619 г. В Тулузе сожжен на костре итальянский философ Д. Ч. Ванини, отрицавший бессмертие души, творение мира из ничего и божественность Иисуса.
1633 г. Осуждение инквизицией Галилео Галилея за ряд астрономических и философских сочинений, но главным образом за пропаганду и разработку гелиоцентрической системы Коперника. 22 июня 1633 г. Галилей был вынужден публично отречься от своих «заблуждений». «Я, Галилео Галилей, — зачитал он заранее заготовленный текст отречения, — сын покойного Винченцо Галилея из Флоренции, преклонив колена перед Вашими высокопреосвященствами и генеральными инквизиторами, имея перед очами святое Евангелие, которого касаюсь собственными руками, клянусь, что всегда верил и ныне верю и, при помощи божьей, впредь буду верить во всё, что считает истинным, проповедует и чему учит святая католическая и апостольская римская церковь...» Публичным отречением Галилей спас жизнь, но не свободу: до самой смерти он оставался под строгим надзором церкви.
1633 г. Рене Декарт, вынужденный эмигрировать из Франции в Голландию, узнав о том, что Галилей привлечён к суду инквизиции, приостанавливает подготовку к изданию своего труда, «Мир», в котором признавался факт вращения Земли. Этот трактат увидел свет уже после смерти Декарта, в 1664 г.
1642 г. Запрещение в Утрехтском университете учения Декарта (картезианства): в глазах церковников Декарт был еретиком, поскольку он признавал своих собратьев-учёных «господами и хозяевами природы». В 1647 г. преподавание картезианства было запрещено и в Лейденском университете.
1656 г. Амстердамские раввины предают анафеме философа Бенедикта Спинозу. «Да будет он проклят и днём и ночью, да будет проклят, когда ложится и встаёт; да будет проклят и при выходе и при входе! — говорилось в тексте „Великого отлучения“. — Предупреждаем Вас, что никто не должен говорить с ним ни устно, ни письменно, не оказывать ему какие-либо услуги, ни проживать с ним под одной крышей, ни стоять от него ближе, чем на четыре локтя, ни читать ничего, им составленного или написанного!»
1714 г. Посмертное отлучение инквизицией от церкви за подрыв религиозных догм английского естествоиспытателя Уильям Гарвея, открывшего в 1628 г. систему кровообращения.
1740 г. Уничтожение по требованию синода тиража переведённой Антиохом Кантемиром книги Б. Фонтенеля «О множественности миров». В 1600 г. учение о множественности миров послужило главным основанием для казни Джордано Бруно.
1749-1753 годы. Травля парижскими богословами выдающегося учёного-натуралиста Жоржа Бюффона за его взгляды о естественном происхождении живых существ. Вынужденное отречение Бюффона от «крамольных» идей. 1751 г. Молодой бакалавр теологии аббат де Прада защищает в Сорбонне докторскую диссертацию. Но вскоре выясняется, что в одобренной учёными мужами работе содержалось десять утверждений, являющихся «лживыми, необдуманными, вредными для католических богословов... ошибочными, богохульными, материалистическими, опасными для общества и для общественного спокойствия» и т. д. Десятая его «ересь» гласила: «Рассуждения отцов церкви могут подвергаться логической проверке». Де Прада был лишен степени и обвинен в связях с авторами «Энциклопедии». 11 февраля 1762 г. был выдан ордер на его арест. Неудачливый докторант был вынужден бежать из Франции.
1751-1772 годы Преследования церковниками авторов и издателей крупнейшего памятника французского Просвещения — «Энциклопедии, или Толкового словаря наук, искусств и ремёсел». Лишение учёных степеней, заточение некоторых из них в Бастилию, цензурные запрещения отдельных томов.
1756 г. Синод обратился к императрице Елизавете Петровне с докладом о запрещении Петербургской Академии наук печатать произведения, противные вере и нравственности. Члены Синода просили запретить издание работ, подобных книге Бернара Фонтенеля «О множественности миров», и конфисковать уже изданные, в первую очередь перевод, сделанный А. Кантемиром.
Они писали: «Просим Академии С.-Петербургской, высочайшим указом В. И. В. именным, запретить и везде в империи Российской публиковать, дабы никто отнюдь ничего писать и печатать как о множестве миров, так и о всем другом, вере святой противном и с честными нравами не согласном, за жесточайшим за преступление наказанием, не отважился, а находящуюся бы ныне во многих руках книгу о множестве миров Фонтенеля, переведенную при жизни блаженные памяти государыни императрицы Анны Иоанновны князем Кантемиром, также и примечания в прошедшем и нынешнем годах изданные... или другое что противное вере содержится, указать везде отобрать и прислать в Синод».