В 1896 году академия направила Ипатьева на стажировку за границу. Германия, Мюнхен, лаборатория Адольфа фон Байера, ставшего вскоре одним из первых лауреатов Нобелевской премии по химии, — лучшее в то время место для продолжения образования в области органической химии. Впрочем, «господин тайный советник» (так надлежало обращаться к Байеру) редко занимался с «постдоками» лично, а выполненные под его руководством исследования публиковал исключительно под своей фамилией. Но вот Ипатьева он взял под свое крыло, и статьи, посвященные синтезу изопрена, выполненному Ипатьевым впервые в мире, они опубликовали вместе. Сам генерал в жизни и в науке, Байер угадал в этом напористом русском, плохо знавшем тогда немецкий язык, будущего генерала в жизни и науке. Дело дошло до беспрецедентного в истории мюнхенской лаборатории случая: Байер пригласил стажёра на семейный ужин, а через несколько дней прибыл с ответным визитом к Ипатьеву и его жене.