Да почти во всех магазинах стоимость доставки определяется не начальной суммой, а итоговой, после применения всех промокодов и скидок. Стоимость покупки — это именно та сумма, которую будет платить покупатель в итоге.

Вы вправе не применять промо-код и получить бесплатную доставку. То что маркет не корректно выводит условия доставки после применения промо кода, является не корректной работой маркета, а не магазина. Магазин передает корректную информацию. И со стороны маркета необходимо, либо изменить интерфейс настройки для магазина, либо добавить вывод полей для клиента. Ну и естественно закрепить все условия работы с промо-кодами в правилах работы с маркетом. На момент пока они ни чего не сделали, это недоработка маркета а не магазина.