Наталина, 
Посчитайте все ваше время, затраченное на возврат товара и оцените его в деньгах. 
Поминутно почасово.
Действие такое то время такое то 
Итого потрачено столько то времени.
Стоимость времени определяете как минимум по сумме вашего официально доказуемого дохода за прошлые месяцы.  Например за 6 месяцев 850000 рублей. Это 25.71 рабочая неделя. 1028.57 рабочих часов. 850000/1028.57＝826.39 рублей ценность вашего часа. Труд и Нервы в выходные и поаздничные дни стоят х3. Включая ваши личные праздники как др, свадьбы, дипломы. 
Это яндекс должен компенсировать.
Далее, чтобы впредь такого не происходило ни с кем, не спускайте им с рук. Требуйте конкретные фио людей принявших решение, потерявших товар. Их увольнение и запрет работать в торговле/логистике.
Работники, зная, что их могут наказать по полной, точно не будут выполнять приказ  "потерять"  от  руководства.
Отмазки в 2000 баллов не принимайте. 
На скольких складах побывал товар?
Сколько машин его перевозило?
По каким ямам и в каких температурных условиях? 
Фио каждого сотрудника,  тронувшего товар?
На 2 или 3 складах две недели не могут найти коробку??
Это типо как? "Сотрудник проверь склад на наличие х коробки"
- "ок на днях как-нибудь"
?