При наличии всех подтверждающих документов от поставщика, проявлении должной осмотрительности (набор документов по контрагенту), наличии деловой переписки никакого начисления не будет. Не бойтесь спорить в налоговой - никто вам мстить не будет. Собрали все бумаги по запросу, ответили и все. В текущий момент это стало нормальным, что налоговая шлет свои письма чуть ли не каждую неделю - раньше вздрагивал от каждого письма, звонил, разбирался. Там 99% писем присылает их IT-система в автоматическом режиме, причем большая часть это встречка по другим налоговым.
А если у вас контрагент какой то возмещает НДС (не в зачет, а кто именно из бюджета получает возмещение. В основном, это не российские компании), то ждите каждый квартал запрос всех документов по этому контрагенту от и до.
Сходите в свою ИФНС, познакомьтесь с замами - у них есть приемные часы. Вам нужны по камералке, по вычетам я думаю. Не знаю, как в регионах, но в Москве у меня осталось приятное впечатление от общения. Молодой состав руководства, никакого совка. Они этим письмам сами не рады и в целом все все прекрасно понимают.

Да, спасибо за комментарий. Мы уже этот вопрос порешали с налоговой - там действительно стало намного больше вменяемых людей, чем было раньше.

Просто сам кейс очень интересен и важен для большого числа компаний, как мне видится.