Платите 2% от оборота налогов (в т ч прибыль и НДС), возьмите в штат несколько сотрудников, никаких разрывов по НДС, никакого вывода нала, аренда + какие то закупки на хоз нужды и все будет ок. 0.9% налогов уже с декабря считается недостаточным (было рекомендательное письмо ЦБ в конце ноября).
При такой схеме никаких проблем ни от налоговой ни от банка не будет. Да, для банка все документы должны быть готовы и быть абсолютно белыми - договора, акты, первичка.

За "транзит" можно не волноваться. Вопросы обычно возникают только у банка и при прочих равных многие банки входят в положение и воспринимают это как особенность бизнеса. У нас в период сезонных закупок на склад дикий "транзит" - и после пары бесед с СБ банка все стало ок.