Приходить вовремя - это дисциплина. Если Вы миритесь с тем, что сотрудник изредка не пунктуален, то это войдет в систему. Сначала у одного, потом у всех. Так же и с другими косяками.

Все равно как в доме - если появляется разбитое окно и его не заделывают, то через месяц будут выбиты все окна.
Опоздания - это "разбитое окно". Допустимое количество "разбитых окон" в бизнесе должно быть равно 0.

ПО этому поводу: Майкл Ливайн Разбитые окна, разбитый бизнес: Как мельчайшие детали влияют на большие достижения.