Прокомментирую со стороны финансов, что бросилось в глаза (работал в одной ИТ-компании с готовой и настроенной аллокацией трудозатрат - в дальнейшем буду называть ее как "передовой опыт", в другой - с кривой и хаотичной).
1. Нет необходимости считать каждую секунду - можно разбить день на 30- или хотя бы 15-минутные фрагменты и привязывать их. Если оценивать каждую минуту-две, то трудозатраты на оценку будут существенны.
2. Подозреваю, что в оценку часа работы включен только ФОТ; если это так - то так нельзя, сюда нужно включать и определенный расчетный процент накладных расходов. Кроме того, ФОТ тоже нужно считать по определенным правилам (все затраты вроде периодических бонусов или отпусков рассчитываются и усредняются на дистанции года).
3. В идеале не у каждого сотрудника должна быть отдельная часовая ставка, а у группы сотрудников (грейд, компетенция + грейд, локация + компетенция + грейд и т.п.). Это очень упрощает дальнейшую работу, а усредненная ставка уже не будет военной тайной.
4. Непонятно, допускается ли непроектная занятость (не относящаяся к клиентским проектам) - обучение, простой ("bench"), какая-то административная активность (например, прохождение корпоративного опроса). Такие активности должны ложиться на расходы компании, и они обычно учитываются в ставке (например, ставка считается исходя не из 100-ной утилизации, а из 80-85%).