У меня такое было с ВТБ. 
Купюроприемник закрылся, банкомат заглючил и деньги не внеслись. 
Пришлось ждать около недели до физической инкассации банкомата. 
Попробуйте написать в саппорт ещё раз. У меня впечатление, что вам просто скопировали логи банкомата без детального разбора ситуации. 
Не удивительно что с учётом глюка банкомата логи записались не все.