Я бы на вашем месте звонил клиентам и говорил: «Извините! Мы всё сделали для вас в лучшем виде, но вот от Яндекса пришёл курьер без QR, поэтому мы ждём следующего, пока ваша еда остывает. Ещё раз извините, что Яндекс так подвёл нас с вами, попробуйте обратиться к ним в поддержку, чтобы они рассмотрели вопрос компенсации за такую проблему со стороны их сервиса».
А то надоело уже, что Яндекс уже не знает, за что дополнительную комиссию списать, но при этом ни за что не отвечает.