"""почему Яндекс выставляет настолько ограниченное время для подачи и для доставки, исходя из автомобильного пробега??"""

Чтобы курьер торопился, вот и все. Это обыкновенная геймификация чтобы создать у курьера илюзия того что он опаздывает и заставить его быстрее ехать, поэтому ЗАБЕЙ на время и езжай на удобной скорости. Штрафа не будет.