Кража, потеря - это одна сторона медали. Другая сторона — кражи это возможность улучшить свою бизнес-модель. Начать можно с себя. Потому что собой ты более-менее управляешь.
- страховать посылки;
- проверять при получении как часы: четко и определенно. Приём без проверки - это пропущенный шаг в деле. Поговорите с работниками склада. Как вообще они управляются с тысячами наименований? А ведь они лично материально ответственны за каждую единицу товара, которую приняли на склад. Вот эти люди лучше всех понимают, что принимая товар или деньги, необходимо проверить, пересчитать. «Доверяй, но проверяй». И человеческое и деловое могут сосуществовать;
- пломбировать. Прекрасная идея. Использовать свой фирменный цвет скотча, например.

Затем, можно перейти к учитыванию работников компании. Поставьте себя на место работников компании СДЭК. Как они могут выплатить вам 10к, а не 100 рублей, если нет никаких доказательств? За чей счёт? Получается, что они залезут в карман компании. А это - воровство у компании.

Затем можно разобраться с кражами. Кража - уголовно наказуемое деяние. Можно подать заявление в полицию, если вам отказали в компенсации, а у вас все доказательства есть.

А если нет? Максимум, что можно изменить в этой ситуации — это корректно объяснить в усного или письменной форме представителям СДЭК, что у них в компании работает вор, и он портит им бизнес. Это им должно быть интересно найти вора, а не вам. Опишите красочно последствия работы вора:
- отток клиентов;
- убытки от публикаций в СМИ вроде этой (некоторые читатели вашей статьи ведь могут и не пойти теперь в СДЭК);
- прямые убытки СДЭК (если они выплатят вам компенсацию);
- безнаказанность порождает ещё большие преступления - пусть готовятся. Обстановка воровства - заразительная штука. На этом складе воровать будет не один человек, а несколько.
- ответственный за этот склад вскоре может быть уволен за бездеятельность, за убытки, за плохие показатели по жалобам. Если он не дурак, и не в доле, то поймёт, что ему выгоднее.