Малые причины. В качестве основных я бы выделил:
а) Текстовая нерелевантность
б) Ненабранные метрики (возраст, трафик, ПФ, видимость по ключам и т.п.).
Всё это по сути фильтры - не наказание, а непройденные пороги соответствия.
в) Хостовые метрики на стыке с коммерческими. Судя по всему, Яндекс сейчас просто не даст высоких позиций по группам запросов, если хост по его данным не соответствует заявленному бизнесу. И дело тут уже не в представленном на сайте ассортименте товаров и услуг. (Кстати, привет от нового фильтра "Мимикрия" как одного из проявлений этого момента).
Каннибализация? - Тут отмечено больше про интент. Неужели вы думаете, что наличие слов "купить" и "цена" где угодно способно сбить ПС с толку? "Цена" - это либо про прайс-лист, либо про тонну товарных карточек в категории, не про сеошную портянку или статью. То, что заявлено в ключе, должно быть раскрыто в контенте страницы. Каннибализация же чаще - это про нечеткие дубли или про ложные "хвосты" основного ключа, которые ПС просто отбрасывает как неважные.
Ну, и советы какие-то диковатые. Куча уже кейсов от любителей воевать с "зомби-страницами". Снесли тонну страниц без трафа - получили просадку вплоть до вылета по основной категории.
Просто потому, что веб-граф комплексно оценивается, а не по каким-то отдельным метрикам его узлов.