Например, у вас есть страница, которая не должна индексироваться. Для этого вы добавляете метатег <meta name="robots" content="noindex, nofollow">, но при этом в файле robots.txt закрыли доступ к сканированию. В данном случае поисковые роботы не смогут получить информацию о странице, а следовательно, и учесть директиву метатега. И страница останется в индексе.
Главное забыли.
Мусор в индексе никому не нужен. Если ПС не видит ценности страницы - там хоть тресни, будет "Видел, спасибо не надо" и статус МПК.