Как в том анекдоте: 
- Чего у тебя морда разбита?
- А пусть не лезет!
Реальность такова, что как бы вы ни улучшали сайты, Яндекс оценивает совсем примитивные метрики - тупо накликивание с выдачи и ещё пару метрик. Этого достаточно, чтобы сайт вышел в топ и там остался.
И не надо уповать на то, что вот приедет барин. Не приедет. Потому что хорошую накрутку вычислить практически нельзя. А в топах висит и вовсе примитивное накликивание, легко выкупаемое даже по Wordstat. Яндексу пофиг.