С проблематикой отчасти не соглашусь. К примеру, обилие JS - это, скорее, про большую нагрузку на проц, чем про быстродействие, если речь не о фреймворках и SPA. Но и тут всё решает кэширование.
Основная проблема, с моей точки зрения - это анализ контента в 2 захода. Чем больше важного контента выводится средствами JS - тем выше риски.
vc, для примера - хорошая реализация. Тут изначально кроме одной JS ничего и нету, но в индекс и топ влетает пулей.