К ним относятся:
Фильтры поисковых систем
Сайт или большая его часть не индексируются
Много плохо оптимизированных страниц
В общем, такие ошибки, которые касаются значительного количества страниц сайта и снижающие его позиции.
Принципе - быстро найти и быстро исправить (малейшими усилиями).
Проверить наличие фильтра можно в панели Яндекс Вебмастер
Диагностика сайта - Фатальные проблемы
Сильно не все фильтры появляются в консолях. В основном - "ручники".
Кроме того, часть фильтров - это вообще не про наказания. Просто страница или сайт не соответствует каким-то планочкам, не проходит по свойствам.
Есть один универсальный способ определить есть ли проблема это ответ на вопрос есть ли трафик, от него и идёт весь анализ в в виде декомпозиции.